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【知识精讲】23华工830生物化学考研知识——蛋白质一级结构测定

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发表于 2022-4-12 09:25:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
 
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相关科目:830生物化学
相关知识点:蛋白质一级结构测定

#1、蛋白质一级结构测定
测定蛋白质中共价键连接的全部情况,包括存在的链内、链间的二硫键位置,氨基酸数目、类型和顺序。
蛋白质氨基酸顺序决定其三维结构,而三维结构决定其生物活性和功能。蛋白质中氨基酸顺序是由基因决定的,是联系DNA遗传信息和蛋白质生物功能的桥梁。

(一) 蛋白质测序
样品纯度应>97%,测分子量(允许误差10%)。
1. 蛋白质分子中多肽链的数目:测N-末端和C-末端残基的摩尔数。寡聚蛋白要用变性剂将亚基拆开。
2. 每一多肽链氨基酸组成:鉴定N-末端残基和C-末端残基,定出氨基酸序列参考点。
3. 按专一方式断裂成较小的肽片段:可用酶或化学方法完成,并用多种断裂方法,将每条多肽链样品降解成几套有重叠序列片段的肽段。
4. 侧各肽段氨基酸序列:常用Edman降解法,用自动序列分析仪。
5. 测定片段次序:用重叠肽段确认拼凑出原来完整多肽链的氨基酸序列。
6. 确定二硫键位置。

(二)N-末端和C-末端氨基酸残基的鉴定

(1)N-末端分析
① 二硝基氟苯(DNFB或FDNB)法:Sanger反应。
2、4-二硝基氟苯称为Sanger试剂,与游离末端氨基反应生成DNP-多肽或DNP-蛋白质,再酸性水解生成DNP-氨基酸(黄色),提取分离后可进行鉴定和定量测定。
此方法在蛋白质氨基酸序列分析的历史上起过很大作用。
② 丹磺酰氯(DNS)法:有荧光,灵敏度高。5-二甲氨基-萘-1-磺酰氯(DNS),结构式见170。
③ Eman降解
苯异硫氰酸酯 (PITC) 法:Phenylisothiocyanate(PITC)能顺序从肽的N-端将氨基酸残基一个个切下来,还可用来测定氨基酸序列。
PITC与多肽链每反应一次,得到一个PTH-氨基酸和少一个氨基酸残基的肽。
PTH (phenylthiohydantoin):苯乙内酰硫脲。PTH-氨基酸可用TLC或HPLC快速测定,由此发展出氨基酸序列自动分析仪。
④ 氨肽酶法:
用外切酶,从N-末端逐个向里切。最常用的是亮氨酸肽酶,适用于N-末端残基的氨基酸被封闭的肽(如环肽);N-末端是焦谷氨酸残基时,可使用焦谷氨酸氨肽酶。

(2)C-末端分析
① 肼解法:蛋白质或多肽与无水肼加热发生肼解反应,除C-末端氨基酸以游离形式存在外,其余氨基酸都变成相应的氨基酸酰肼化物。肼进攻肽键而不易与-COOH反应,肼解中Gln、Asn、Cys被破坏。
② 还原法:用LiBH4还原C-末端氨基酸成氨基醇,肽水解后可分离、鉴定。
③ 羧肽酶法:专一地从肽链C-末端开始逐个降解释放出游离氨基酸。

(三)二硫键断裂:
用变性剂,如8mol/L尿素或6mol/L盐酸胍使蛋白质变性,分子内部-S-S-露出,并用HSCH2CH2OH处理,则-S-S-变成2个-SH,再用碘乙醇保护-SH不被氧化。
也可用过甲酸氧化,将-S-S-变成2个磺酸基。

(1) 氨基酸组成分析:
可用氨基酸分析仪进行测定。样品可用酸完全水解(6mol/L HCl),再用碱水解测Trp。
测出Asx和Glx,酰胺基总量由水解液中NH4Cl量计算出。
P172 表4-8列出一些蛋白质的氨基酸组成。

(2) 多肽链部分裂解成小肽段,分别测序:
现在一般只能测几十个氨基酸残基肽段,需将蛋白质先裂解成较小肽段,分离后测序。
(1)  酶裂解法:常用的蛋白酶有以下几种(为内切酶):
胰蛋白酶:水解碱性氨基酸的羧基所形成的肽键,如Lys,Arg。
糜蛋白酶(胰凝乳蛋白酶):肽键羧基端为芳香族氨基酸,如Phe、Trp、或Tyr,以及疏水氨基酸Leu、Met或His。
胃蛋白酶:特异性不太强,切点多,肽键羧基端为芳香族和疏水氨基酸。
(2) 化学裂解法:溴化氰BrCN断裂羧基端为Met的肽键,生成肽酰高丝氨酸。

(四) 肽段氨基酸序列测定
(1) Edman化学降解法:
每反应一次生成一个PTH-AA,层析分离、鉴定,剩下减少一个残基的肽链,又有新N-端参加下一轮反应。由此进行氨基酸序列自动分析,进行几轮反应就能测出几个残基序列。最低样品用量仅5 pmol。
  Edman降解现已有多种改进。如DNS-Edman测序,可提高灵敏度;试剂的改进,用由荧光基团或有色基团标记的PITC可更灵敏。
(2) 质谱法:电喷射电离(ESI)。使蛋白质离子解吸进入气相,15肽以下均可用。

(五) 肽段在多肽链中次序确定
用两种或两种以上不同方法断裂多肽样品成两套或几套肽段,由于切口错位,可由重迭肽(两套肽段相互跨过切口而重迭的肽段)确定肽段先后次序,从而拼凑出整个多肽链的氨基酸序列。

(六) 二硫桥位置的确定
用切点多的胃蛋白酶水解肽链,生成比较小的含二硫桥的肽段混合物,将样品点在滤纸中央,在pH6.5进行第一向电泳分离。然后用过甲酸蒸气熏,-S-S-氧化断裂成两个含磺酰丙氨酸(带负电荷)的肽。将滤纸转900,在完全相同条件下再进行第二向电泳,大多数肽段迁移率未变,位于滤纸对角线上,而含磺酰丙氨酸的肽段由于负电荷增加偏离对角线(向正极向)。将每对含磺酰丙氨酸的肽段分别取下,进行氨基酸序列分析,推出二硫桥的位置(肽链内或肽链间)。
现在越来越多的蛋白质氨基酸序列是由核酸的核苷酸顺序推定的,但仍需氨基酸序列分析配合。



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